ТЕЦ "Бобов дол" е системен нарушител на екологичните норми. С такава позиция излязоха от Грийнпийс. Според екоминистерството, в момента изпълнителната агенция, която отговаря за разрешителните, преразглежда разрешителното за работа на централата заради замърсяването на река Струма с пепел през януари 2022 г. През последните години ТЕЦ "Бобов дол" често получава глоби за нарушения на разрешителното за работа, сред които за наднормени нива на замърсители във въздуха и в точките на заустване на отпадъчните води.
Пряко засегнатите хора в региона периодично подаваха жалби за влошаването на качеството на въздуха: за задушлива миризма на сяра, отлагания на прах по прозорците и растенията, черен дим, който идва от комините на централата. Данните в проучването на "Грийнпийс" - България за замърсяването от топлоелектрическата централа в района на Големо село в Западна България потвърждават чести изпускания на отпадни води в околната среда от различни места около ТЕЦ "Бобов дол".
След няколко обрата по делото за промяната на горивото на ТЕЦ "Бобов дол" Върховният административен съд окончателно валидира погазването на правата на обществеността и заобикалянето на процедури за защита на околната среда от страна на административен орган в полза на предприятие с дълга история на замърсяване на околната среда. Решението обаче не е единодушно - една от тримата съдии подписа решението с особено мнение, потвърждавайки аргументите на екологичните организации.
През 2018 г. директорът на Регионалната инспекция по околната среда и водите - Перник, еднолично и без да информира засегнатата общественост, допълва издадено през 2016 г. разрешително на ТЕЦ "Бобов дол" за изгаряне на минимални количества биомаса и отпадъци. Така на централата е разрешено да изгаря вместо 0.5%, цели 20% биомаса, заобикаляйки всички процедури, в които обществеността би могла да изрази мнение. Разрешението е издадено с писмо, адресирано единствено до ръководството на ТЕЦ "Бобов дол".
Нито писмото на директора на РИОСВ, нито уведомлението на ТЕЦ "Бобов дол", са публикувани на страницата на районната инспекция - събитията са останали напълно скрити от обществеността; засегнатите не са могли и да предполагат, че се провежда процедура за разглеждане на декларираната промяна. "Грийнпийс" - България и "За Земята" разбират за съществуването на писмото случайно от документацията по друго дело - при обжалване на комплексното разрешително за изгаряне на отпадъци на централата.
Следва обжалване на писмото на няколко инстанции - първо пред Административния съд в Кюстендил, а след това във Върховния административен съд и отново в съда в Кюстендил, където делото е върнато за ново разглеждане. Така се стигна до куриозния случай Кюстендилският административен съд да се произнесе с две различни решения по казуса. Първо съдия Николета Карамфилова постанови, че районната екоинспекция е трябвало да направи преценка за необходимостта от екооценка. ТЕЦ "Бобов дол" обжалва и след разпределение при друг съдия, резултатът бе диаметрално противоположен - съдия Иван Демиревски реши, че няма нарушение на процедурата, тъй като според преценката му изгарянето на биомаса не замърсява въздуха и няма нужда да се оценява ефектът върху здравето на хората и природата.
При последното разглеждане на делото от Върховния административен съд мнозинството от съдиите реши, че промяната на обстоятелствата в горивото на инсталацията не налага оценка на влиянието върху здравето на хората и природата с участието на засегнатата общественост и че ТЕЦ "Бобов дол" може да продължи работа. Съдия Юлия Тодорова обаче изрази особено мнение, че е необходимо да бъде направена такава оценка, като се отчете едновременното изгаряне на въглища, биомаса и отпадъци.
